O início do Movimento Pestalozziano no Brasil se deu em 1926 na cidade de Porto Alegre com a criação do Instituto Pestalozzi de Canoas, hoje Associação Pestalozzi de Canoas, no Estado do Rio Grande do Sul, pelo Professor Thiago Würth. O Instituto foi transferido três anos após para a cidade de Canoas e foi criado com foco no atendimento das pessoas com dificuldades de aprendizagem. Em 1929 chega ao Brasil, a Educadora Russa Helena Antipoff, a convite do Governo do Estado de Minas Gerais, trazendo o legado de informações e aprendizagem obtido com Johann Heinrich Pestalozzi enfatizando o trabalho na reabilitação e na formação de recursos humanos no atendimento à pessoa com deficiência. Após são implantadas as Associações Pestalozzi em Minas Gerais, no Rio de Janeiro e em São Paulo.

O Movimento no Brasil demonstra com claras e contínuas evidências que está impregnado pela crença na manifestação da divindade no ser humano e na caridade, concepção que Pestalozzi praticou principalmente em favor dos pobres.
Como Pestalozzi fazia, o Movimento no Brasil trata hoje do seu método de trabalho com a inabalável convicção de que a pessoa com deficiência se desenvolve de dentro para fora e não na direção oposta como dita a regra geral da educação convencional.

As associações Pestalozzi, as Federações Estaduais e todo o Movimento Pestalozziano se fundam nas premissas: amor e esperança, que sustentam o esforço individual e coletivo pela educação, reabilitação e inclusão social das pessoas com deficiência.

Atualmente a FENAPESTALOZZI tem 232 Associações Pestalozzi, Federações Estaduais e Entidades Análogas.